Taller Práctico: Estratificación molecular en enfermedades complejas. Hacia la medicina de precisión

En las últimas décadas, el auge de las tecnologías de generación masiva de datos y la bioinformática ha supuesto un cambio en el paradigma biomédico, permitiendo caracterizar las enfermedades desde una perspectiva molecular y profundizar en la etiología de las mismas. Esto resulta de gran utilidad en la investigación de enfermedades complejas, las cuales presentan una alta heterogeneidad clínica y fenotípica a través de los distintos pacientes, dificultando desde las labores de diagnóstico hasta el tratamiento de las mismas. El uso de técnicas de estratificación molecular de pacientes usando datos ómicos son excelentes herramientas con las que se busca identificar subgrupos de pacientes dentro de una misma enfermedad, los cuales comparten los mismos mecanismos moleculares patogénicos. Además, estos subgrupos de pacientes homogéneos suelen reflejar una sintomatología clínica y fenotípica común, lo que hace suponer una respuesta similar a las terapias dentro de cada grupo.

En este taller, veremos la importancia y la necesidad real del uso de técnicas de estratificación molecular de pacientes y trataremos desde un punto de vista práctico estudios donde se han realizado, concretamente usando datos de expresión génica. Además, haremos hincapié en cada uno de los pasos necesarios para llevar a cabo este tipo de análisis, desde el planteamiento del problema a resolver y la preparación de los datos hasta la interpretación de los resultados.

Para mayor información ver el articulo (Toro- Domínguez et al. 2018 https://doi.org/10.1002/art.40653)

Imparte:
Daniel Toro Domínguez
Raúl López Domínguez

Requisitos para ejecutar el taller: Tener cuenta de Google y tener instalado el PlugIn de Google Colaboratory. No se necesitan conocimientos previos de bioinformática para realizar el taller. El directo del taller se hará en la aplicación Zoom, por favor, comprobad el día de antes que os funciona y que tenéis bien configurada la aplicación.

Instrucciones:

1. Acceder al material
2. Una vez dentro, seleccionar Archivo > Guardar una copia en Drive
3. Acceder a tu Google Drive y abrir la carpeta Colab Notebooks
4. Doble click en la Copia del Taller y seleccionar Open With Google Colaboratory.
5. Familiarizate con Google Colab para sacarle más partido al taller. Ejecuta el codigo pulsando el boton de play/flecha en la esquina superior izquierda de cada celda con R.
6. Ya podéis editar y ejecutar el código mientras seguís el directo.

Al finalizar el taller se os propondrá un ejercicio sencillo. Tenéis que mandarnos el ejercicio resuelto a bioinformaticsgrx@gmail.com y recibiréis un certificado acreditando vuestra participación en el taller. Os daremos más detalles durante el directo.

Atención!: El taller tiene un límite técnico de una conexión de 100 personas que no esperamos superar, pero si se da el caso repetiremos el taller en otra fecha en septiembre/octubre.

Para acceder al directo:

Enlace al material: https://colab.research.google.com/drive/17-RKwjupSwmsAcvnEunnKCNoheei6pDf?usp=sharing

Pronto subiremos el video y diapositivas del taller para que podais llevarlo a cabo por vosotros mismos.