Bioinfo Club Marzo 2021: Bioinformática para el soporte en tareas de Salud Pública: experiencia con el SARS-Cov-2

La pandemia mundial provocada por la covid19 ha puesto de manifiesto una vez más la importancia de la Bioinformática en las labores de Salud Pública, como ya hizo en su momento con la crisis del pepino en 2011 o recientemente en 2019 el brote de listerioris en Andalucía relacionado con el consumo de carne mechada. En todos estos casos, la bioinformática tuvo un papel importante en la detección precoz del agente causal así como en el estudio de la evolución de los distintos brotes / pandemia. Las Unidades de Bioinformática que dan soporte y participan en estas labores deben estar preparadas para dar respuesta rápida y precisa ante situaciones de emergencia, es por ello que la gestión de los datos de secuenciación masiva, la reproducibilidad y escalabilidad de los procesos de análisis deben estar preparados de acorde a una situación de servicio al Sistema Nacional de Salud. BU-ISCIII, la Unidad de Bioinformática del Instituto de Salud Carlos III ha participado en el desarrollo en comunidad un nuevo pipeline de análisis llamado viralrecon (https://github.com/nf-core/viralrecon/) para la reconstrucción de genomas virales partiendo de distintos tipos de secuenciación masiva para el uso del genoma completo viral para labores de vigilancia de patógenos.